- «Είναι τυφλός εκείνος που δεν βλέπει αμέσως στην αρίστη και σοφοτάτη διάταξη των όντων, την άπειρη σοφία και αγαθότητα του παντοδυνάμου Δημιουργού, μωρός δε (=ανόητος) εκείνος που δεν τον ομολογεί»
- «Ο Θεός κυβερνά όλα τα πράγματα και γνωρίζει όλα τα πράγματα, που υπάρχουν και εκείνα που μπορεί να υπάρξουν… Είναι παρών σε όλους τους τόπους, είναι περισσότερο ικανός με τη θέλησή του να κινήσει τα σώματα δια του απεριορίστου και ομοιομόρφου αισθητηρίου του και δια του τρόπου αυτού να διαμορφώσει και αναμορφώσει τα μέρη του σύμπαντος, παρ’ όσον εμείς με τη θέλησή μας μπορούμε να κινούμε τα μέρη του δικού μας σώματος» (στο έργο του Οπτικά)
- «Γιατί εκείνος ήταν [ο Θεός], που τα δημιούργησε [τα άτομα] για να τα θέσει σε τάξη. Και, εφ’ όσον το έκανε αυτό, δεν είναι φιλοσοφικό να αναζητούμε οποιαδήποτε άλλη Προέλευση του Κόσμου ή να παριστάνουμε πως προέκυψε από το Χάος με τους Νόμους της Φύσης μόνο» (στο έργο του Οπτικά)
- «Το εξαιρετικώς ωραίο αυτό σύστημα του Ηλίου, των πλανητών και των κομητών, είναι δυνατόν να προέλθει μόνο από τη σκέψη και την κυριαρχία μίας σκεπτομένης και παντοδυνάμου Yπάρξεως. Και αν τα σταθερά άστρα αποτελούν κέντρα άλλων, παρόμοιων συστημάτων, τότε πρέπει όλα αυτά, αφού δημιουργήθηκαν από έναν σοφό συμβουλάτορα, να υπόκεινται στην κυριαρχία του Ενός…Το Ον αυτό κυβερνά τα πάντα, όχι ως ψυχή του κόσμου, αλλά ως Κύριος επί πάντων… Ο Θεός είναι παντοδύναμος και πανταχού παρών και δια της υπάρξεώς του παντού και πάντοτε δημιουργεί τον χρόνο και τον χώρο» (στο έργο Principia)
- «Σίγουρα ανήκει στη φυσική φιλοσοφία, το να πραγματευόμαστε το Θεό από τα φαινόμενα της φύσης» (στο έργο Principia)
- «Το Σύμπαν υπάρχει. Δια της υπάρξεως αυτής παρουσιάζεται ως γεγονός θαυμαστόν, το οποίο προϋποθέτει μίαν άπειρον δύναμιν μέσα εις αυτό. Μία ολότητα μεγαλύτερη οποιουδήποτε μέρους. Μία ενότητα διατηρούσα και συνθέτουσα όλους τους κόσμους εις ένα. Το θαύμα δεν συνίσταται εις την έλλειψιν συνδετικών κρίκων από αιτίου εις αίτιον, αλλ’ εις αυτήν ταύτην την ύπαρξη της αλυσίδας των φαινομένων. Αυτή αποτελεί το απύθμενο μυστήριο, το αδιαμφισβήτητο θαύμα που γνωρίζουμε, το οποίο μας ανάγει στις ιδιότητες του Θεού» (στο έργο του «Principia» Αρχαί)
- «Εις την κανονικήν κίνηση των πλανητών και των δορυφόρων τους, εις την κατεύθυνση αυτών, εις το σχέδιό τους, εις τον βαθμόν της ταχύτητας ενός εκάστου εξ’ αυτών υπάρχει η σφραγίδα κάποιου σκοπού η μαρτυρία της ενεργείας μιας αιτίας, η οποία δεν είναι ούτε τυφλή ούτε τυχαία, αλλά εξόχως επιδέξια στην μηχανική και την γεωμετρία Μη αμφιβάλλετε περί τούτου. Είναι παράλογο να υποθέσει κανείς ότι η τυφλή ανάγκη δεσπόζει εις το σύμπαν, διότι η τυφλή ανάγκη, πάντοτε η ίδια, δεν είναι δυνατόν να παραγάγει την ποικιλία τω πραγμάτων, την οποία βλέπουμε. Είναι βέβαιο ότι οι παρούσαι κινήσεις των πλανητών δεν είναι δυνατόν να προέρχονται εκ μόνης της ενεργείας της έλξεως. Δια να λάβουν κίνησην περιστροφικήν περί τον ήλιον, χρειάζεται θείος βραχίων να ωθήσει αυτούς επί της εφαπτομένης της τροχιάς τους» ( επιστολή στον Bentley)
- «Υπό την άποψιν αυτήν, δύναται κανείς να πει ότι ο Θεός κατά τη δημιουργία του κόσμου ήταν πάντοτε παρών και του έδωσε μία ορισμένη διάταξη. Πράγματι ο Θεός εξέλεξε τον τελειότερον κόσμο, δηλαδή εκείνον ο οποίος συγχρόνως παρουσίαζε την μεγαλυτέρα απλότητα και με τις προϋποθέσεις πλουσιοτέρων εν αυτώ φαινομένων, όπως θα είχε μία γεωμετρική γραμμή, την οποία ευκόλως θα κατασκεύαζε και της οποίας οι ιδιότητες θα ήταν πολλές και αξιοθαύμαστες. Με την παρομοίωση αυτή δεν θέλω να παρουσιάσω μία εικόνα της θείας σοφίας, η οποία δεν μπορεί να περιγραφεί πλήρως και να υποδείξω, τι δύναται να προσφέρει το πνεύμα μας εις την μεγάλη αυτήν αλήθεια».
- «Η αντίληψη ότι ο κόσμος είναι μία γιγάντια μηχανή, που προχωρεί χωρίς την παρέμβαση του Θεού, όπως ένα ρολόι που συνεχίζει να λειτουργεί χωρίς του ωρολογοποιού τη συμβολή, είναι η αντίληψη του υλισμού και της μοιρολατρίας, και τείνει (υπό το πρόσχημα ότι καθιστά το Θεό μια υπερκόσμια διάνοια) να αποκλείσει στην πραγματικότητα τη Θεία Πρόνοια και την κυριαρχία του Θεού στον κόσμο»
- «Δεν γνωρίζω πώς μπορεί να φαίνομαι εις τον κόσμον. Εγώ όμως βλέπω τον εαυτό μου ως ένα παιδί, που παίζει εις την παραλία και διασκεδάζει βρίσκοντας πότε-πότε ένα περισσότερο λείο βότσαλο ή ένα όστρακο ωραιότερο από τα συνηθισμένα, ενώ ο μέγας ωκεανός της αλήθειας εκτείνεται εντελώς ανεξερεύνητος μπροστά μου»
- «Εάν είδα μακρύτερα από άλλους άνδρες, αυτό οφείλεται στο ότι στάθηκα επάνω εις τους ώμους γιγάντων»
- «Φυσική, φυλάξου από την Μεταφυσική»
- «Εδώ κείται ο Ισαάκ Νεύτων,- που με το μέγα πνεύμα του ερεύνησε πλανήτες, - των κομητών τις τροχιές, των θαλασσών πλημμύρες. - Πρώτος αυτός ανέλυσε τις φωτεινές ακτίνες - και των χρωμάτων έδωσε εικόνες εξαίσιες. - Την Φύσιν εμελέτησε και αρχαίες συγγραφές - και επιμελώς εισέδυσε σε Ιερές Γραφές. - Με τη ζωή, τα έργα του μάς έδειξε το δρόμο, - πώς να τιμάμε και εμείς τον θείο πλαστουργό - πιστοί στο Ευαγγέλιο, βιβλίο ιερό. - Χαρά στο γένος των θνητών τέτοια στολίδια να έχει»
(Επιγραφή στον τάφο του Νεύτωνος)